Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych jest państwowym funduszem celowym. Wydatki państwowego funduszu celowego mogą być dokonywane tylko w ramach posiadanych środków finansowych obejmujących bieżące dochody i pozostałości z okresów poprzednich. Dopuszcza się możliwość przejściowego zasilania funduszu kredytem bankowym. Środki finansowe funduszu gromadzone są w banku, na wyodrębnionym rachunku. Fundusz posiada osobowość prawną i stosuje zasady rachunkowości zgodnie z art. 2 ust 1 pkt 4 ustawy w dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości.

Kształt regulacji prawnej PFRON zaczerpnięty został z systemu francuskiego i niemieckiego. Za podstawę, przyjęto założenie, że każdy pracodawca powinien zatrudniać co najmniej 6% osób niepełnosprawnych, w ogólnym stanie zatrudnienia w przedsiębiorstwie. Pracodawcy, którzy nie spełniają tego wymogu muszą wpłacać co miesiąc określone kwoty na PFRON, wpłat dokonują również zakłady pracy chronionej. Wysokość wpłaty stanowi 10% kwot uzyskanych z tytułu zwolnień podatkowych. Ustawodawca przewidział również inne źródła wpływów na PFRON np.: dotacje z budżetu państwa, darowizny i zapisy, dochody z działalności gospodarczej.

Statut określający organizację, szczegółowe zasady i tryb działania PFRON, w tym jego organów zatwierdza, na wniosek Prezesa Zarządu Funduszu, Minister właściwy do spraw zabezpieczenia społecznego.

Corocznie Fundusz opracowuje plan finansowy, który stanowi załącznik do budżetu państwa. Plan jak i sprawozdanie z jego realizacji podlegają ocenie komisji sejmowych. PFRON jako podmiot gospodarujący funduszami celowymi podlega corocznie kontroli NIK. Organami Funduszu jest Rada Nadzorcza ( Prezes Rady Nadzorczej, siedmiu przedstawicieli organizacji pozarządowych, w tym dwóch przedstawicieli pracodawców) oraz Zarząd ( Prezes Zarządu Funduszu, dwóch zastępców Prezesa Zarządu)

Członków Rady Nadzorczej, na wniosek Pełnomocnika powołuje i odwołuje Minister właściwy do spraw zabezpieczenia społecznego spośród kandydatów zgłoszonych przez organizację pozarządowe i organizacje przedsiębiorstw. Kadencja Rady Nadzorczej trwa dwa lata.

Prezesa Zarządu powołuje i odwołuje Minister właściwy do spraw zabezpieczenia społecznego na wniosek Pełnomocnika ds. Osób Niepełnosprawnych, zaopiniowany przez Radę Nadzorczą Funduszu. Zastępców Prezesa powołuje i odwołuje Minister do spraw zabezpieczenia społecznego na wniosek Prezesa zaopiniowany przez Radę Nadzorczą.

W ramach ogłaszanych programów celowych Fundusz udziela pożyczek osobom niepełnosprawnym na dokonywanie zakupów, które wspomogą ja w aktywności zawodowej. Stymuluje i finansuje powstawianie nowych miejsc pracy w regionach wiejskich i małych miastach. Dofinansowuje resort zdrowia organizujący nieodpłatnie zaopatrzenie medyczne. Dodatkowo, poprzez organizowaną sieć wypożyczalni działających na zasadzie non profit, uzupełnia polski system zaopatrzenia osób niepełnosprawnych w pomoce osobiste i sprzęt rehabilitacyjny. Fundusz podjął aktywne działania mające na celu likwidację barier architektonicznych w obiektach użyteczności publicznej, ciągach komunikacyjnych oraz mieszkaniach osób niepełnosprawnych.