Przepis § 6 ust.2 p.1-11 rozporządzenia pomocowego wskazuje zasady, które należy stosować przy wyliczaniu podwyższonych kosztów. Jednak sposób lub metoda obliczania podwyższonych kosztów zatrudniania osób niepełnosprawnych nie są jednoznacznie określone obowiązującymi przepisami. Ponieważ prawo nie narzuca określonej metody liczenia podwyższonych kosztów, dlatego też pracodawcy mogą stosować własne metody. Istotne jest aby metoda wybrana przez pracodawcę była zgodna z rozporządzeniem pomocowym. Ponadto pracodawca powinien zapewnić stosowanie jednolitej metody wobec wszystkich pracowników niepełnosprawnych. W sytuacji gdyby pracodawca nie zdecydował się na stosowanie opracowanej przez siebie metody może skorzystać np. z metody opracowanej przez Ministerstwo Polityki Społecznej, która została opublikowana na stronach internetowych ministerstwa, lub metody obliczania kosztów związanych z rehabilitacją i zatrudnianiem osób niepełnosprawnych w zakładzie pracy chronionej polecanej przez Krajową Izbę Gospodarczo-Rehabilitacyjną (MOKON-2).