Rozliczenia rocznego należy dokonać na formularzach, których wzór określony został w rozporządzeniu Ministra Polityki Społecznej z dnia 23 grudnia 2004 r. zmieniającego rozporządzenie w sprawie dofinansowania do wynagrodzeń pracowników niepełnosprawnych.

Rozporządzenie wprowadziło dwa formularze, z których jeden przeznaczony jest do wykazania przez przedsiębiorców podwyższonych kosztów zatrudnienia osób niepełnosprawnych , a drugi służy do rozliczenia dofinansowania do wynagrodzeń pracowników niepełnosprawnych oraz sfinansowanych składek na ubezpieczenia społeczne.

Pracodawcy korzystający z Systemu Obsługi Dofinansowań posiadają możliwość dokonania rozliczenia rocznego w formie elektronicznej.

Termin dokonania rozliczenia rocznego określony jest zarówno w ustawie jak i w rozporządzeniu pomocowym. Przez dokonanie rozliczenia rocznego należy rozumieć złożenie dokumentów w sprawie rozliczenia rocznego oraz wpłacenie do organu udzielającego pomocy kwoty zwrotu dofinansowania, w przypadku gdy rozliczenie wykaże konieczność dokonania takiego zwrotu.