Przepis § 6 ust.2 p.1-11 rozporządzenia pomocowego wskazuje zasady, które należy stosować przy wyliczaniu podwyższonych kosztów. Jednak sposób lub metoda obliczania podwyższonych kosztów zatrudniania osób niepełnosprawnych nie są jednoznacznie określone obowiązującymi przepisami. Ponieważ prawo nie narzuca określonej metody liczenia podwyższonych kosztów, dlatego też pracodawcy mogą stosować własne metody. Istotne jest aby metoda wybrana przez pracodawcę była zgodna z rozporządzeniem pomocowym. Ponadto pracodawca powinien zapewnić stosowanie jednolitej metody wobec wszystkich pracowników niepełnosprawnych. W sytuacji gdyby pracodawca nie zdecydował się na stosowanie opracowanej przez siebie metody może skorzystać np. z metody opracowanej przez Ministerstwo Polityki Społecznej, która została opublikowana na stronach internetowych ministerstwa, lub metody obliczania kosztów związanych z rehabilitacją i zatrudnianiem osób niepełnosprawnych w zakładzie pracy chronionej polecanej przez Krajową Izbę Gospodarczo-Rehabilitacyjną (MOKON-2).

Przez podwyższone koszty zatrudniania osób niepełnosprawnych należy rozumieć koszty wynikające z zatrudnienia osób niepełnosprawnych, które są kosztami dodatkowymi względem kosztów, które przedsiębiorca poniósłby, jeżeli zatrudniałby pracowników nie będących osobami niepełnosprawnymi, przez każdy okres, przez który pracownik lub pracownicy niepełnosprawni są w rzeczywistości zatrudniani. Innymi słowy, koszty te stanowią różnicę pomiędzy kosztami pracy osoby niepełnosprawnej a kosztami pracy osoby pełnosprawnej. Katalog kosztów stanowiących rzeczywiste podwyższone koszty zatrudniania osób niepełnosprawnych został określony przepisem § 3 ust.2 i 3 rozporządzenia pomocowego.

Na przełomie roku 2006/2007 Krajowa Izba Gospodarczo-Rehabilitacyjna, zrealizowała projekt badawczy, którego głównym celem badań było zidentyfikowanie barier dla aktywizacji zawodowej osób niepełnosprawnych. Z perspektywy potencjalnych konsekwencji dla niepełnosprawnych można ogólnie zidentyfikować jako pochodne lub związane z cechami indywidualnymi. Wśród czynników wpływu na występowanie i uciążliwość czynników o charakterze zewnętrznym można wyodrębnić: politykę społeczną państwa, stan i sprawność funkcjonowania systemów: emerytalno-rentowe rehabilitacji leczniczej i zawodowej.

W przypadku gdy pracodawca nie zdecyduje się na rozliczanie rzeczywistych podwyższonych kosztów zatrudniania osób niepełnosprawnych może skorzystać z ryczałtu. Wysokość ryczałtu uzależniona jest od stopnia niepełnosprawności pracownika niepełnosprawnego oraz faktu, czy pracownik jest osobą u której stwierdzono chorobę psychiczną, upośledzenie umysłowe, epilepsję bądź też jest osobą niewidomą. Wysokość ryczałtu nie jest uzależniona od wymiaru czasu pracy pracownika niepełnosprawnego. Zgodnie z rozporządzeniem pomocowym kwoty ryczałtu wynoszą( w zależności od stopnia niepełnosprawności):

• Stopień znaczny: 90% wynagrodzenia minimalnego
• Stopień umiarkowany: 70% wynagrodzenia minimalnego
• Stopień lekki: 40% wynagrodzenia minimalnego

Ponadto do kwoty ryczałtu zalicza się 100% kwot odpowiadającym składkom na ubezpieczenia społeczne, o których mowa w art.25 ust.3 ustawy o rehabilitacji , tj. kwot składek na ubezpieczenia społeczne finansowanych przez PFRON lub budżet państwa.

W przypadku pracodawców nie będących zakładami pracy chronionej kwoty ryczałtu wynoszą 70% kwot przedstawionych w tabeli lub 90% kwot przedstawionych w tabeli powiększonych o 55% minimalnego wynagrodzenia w przypadku osób, u których stwierdzono chorobę psychiczną, upośledzenie umysłowe, epilepsję bądź też osób niewidomych. Podobnie jak w zakładach pracy chronionej do kwoty ryczałtu należy doliczyć 100% kwot odpowiadających składkom na ubezpieczenia społeczne finansowanych przez PFRON lub budżet państwa .

Warunkiem skorzystania z ryczałtu jest złożenie oświadczenia o wyborze tej formy do organu udzielającego pomocy. Terminem do złożenia oświadczenia jest 20 luty roku, za który pracodawca będzie dokonywał rozliczenia. Należy zaznaczyć, że pracodawca w składanym oświadczeniu wskazuje jedynie metodę, która zostanie wykorzystana do rozliczenia rocznego (ryczałt wobec wszystkich pracowników lub jednego pracownika bądź grupy pracowników), a nie konkretnych pracowników, których ryczałt będzie dotyczyć, ani też grup zawodowych, do których zamierza zastosować rozliczenie ryczałtowe.

Pracodawcy, którzy nie złożą oświadczeń o wyborze ryczałtu zobowiązani będą rozliczyć uzyskaną pomoc z uwzględnieniem rzeczywistych podwyższonych kosztów zatrudniania osób niepełnosprawnych.