Pracodawcy prowadzący Zakład Pracy Chronionej mają obowiązek zatrudniania osób niepełnosprawnych na stanowiskach i w miejscach pracy odpowiednio przystosowanych do potrzeb tych osób, jednak w realizacji tych obowiązków pracodawcy mogą liczyć na wsparcie ze środków publicznych. Takie wsparcie można podzielić na bezpośrednie, które obejmuje zwrot ze środków PFRON-u kosztów poniesionych w związku z przystosowaniem tworzonych lub istniejących stanowisk pracy stosownie do potrzeb wynikających z niepełnosprawności danej osoby, adaptacje pomieszczeń zakładu pracy, oraz adaptacje lub nabycie urządzeń ułatwiających osobom niepełnosprawnym pracę.

Wsparcie bezpośrednie jest dostępne dla pracodawcy, który zobowiąże się zatrudnić przez okres co najmniej 36 miesięcy osobę, z której zatrudnianiem wiąże się zwrot. Zgodnie z art. 26 ust. 7 ustawy w przypadku zwolnienia osoby przed upływem 36 miesięcy, pracodawca musi oddać w terminie 3 miesięcy kwotę uzyskanego zwrotu w wysokości równej 1/36 ogólnej kwoty.

Natomiast wsparcie pośrednie, rozumie się jako możliwość uwzględnienia zwiększonych kosztów poniesionych przez beneficjentów w zakresie pomocy publiczne, rozliczających uzyskaną pomoc z innych tytułów.

Nowym instrumentem pomocy dla pracodawców zatrudniających osoby niepełnosprawne jest fakultatywny zwrot części kosztów zatrudniania asystenta osoby niepełnosprawnej. Asystent pracy osoby niepełnosprawnej to pracownik zatrudniony u pracodawcy, który pomaga pracownikowi niepełnosprawnemu w pracy w zakresie czynności ułatwiających komunikowanie się z otoczeniem, lub pomocy w trudnych czynnościach. Asystent może być zatrudniony wyłącznie w celu pomagania osobom niepełnosprawnym w czynnościach określonych w art. 26d ust. 1 ustawy, lecz może też świadczyć asystę obok swoich zadań. Pracodawca ma możliwość uzyskania rekompensaty z tytułu zatrudnienia asystenta na dwa sposoby. Po pierwsze, jeżeli jest beneficjentem pomocy publicznej, może wykazać pełną kwotę asysty przy rozliczaniu uzyskanej pomocy stanowiącej rekompensatę z tytułu podwyższonej kosztów zatrudnienia osób niepełnosprawnych. Po drugie, może ubiegać się o zwrot części kosztów zatrudnienia asystenta. Zwrotu ze środków PFRON-u dokonuje starosta na podstawie umowy zawartej z pracodawcą, a wysokość zwrotu stanowi iloczyn kwoty najniższego wynagrodzenia i ilorazu liczby godzin w miesiącu przeznaczonych wyłącznie na pomoc pracownikowi niepełnosprawnemu i liczby godzin pracy pracownika niepełnosprawnego w miesiącu, przy czym liczba ta nie może przekraczać liczby godzin odpowiadającej 20% miesięcznej liczby godzin pracownika.

Kolejnym instrumentem wsparcia dla ZPChr jest finansowanie ze środków publicznych lub ze środków pochodzących ze środków publicznych szkoleń osób niepełnosprawnych, które może się odbywać na podstawie:zwrotu kosztów szkolenia osób niepełnosprawnych organizowanego przez pracodawcę ( art. 41 ustawy), złagodzenia obowiązku podatkowego lub quasi-podatkowego dla beneficjentów pomocy publicznej ( art. 67 lub 48 Ordynacji podatkowej),

zwrotu kosztów za szkolenie zatrudnionych osób niepełnosprawnych, w związku z koniecznością zmiany profilu produkcji ( art. 3 ust. 1 pkt. 2),

finansowania ze środków zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych kosztów szkoleń osób niepełnosprawnych w ramach programów rehabilitacyjnych, pomocy indywidualnej i wydatków ogólnych ( art. 33 ).

Zgodnie z art. 41 ustawy pracodawca może ubiegać się o refundację ze środków PFRON-u do wysokości 75% poniesionych kosztów, nie więcej jednak niż do wysokości dwukrotnego przeciętnego wynagrodzenia na jedną osobę, jeżeli po zakończeniu szkolenia będzie ona zatrudniona przez okres co najmniej 24 miesięcy, jeżeli osoba nie będzie zatrudniona przez wymagany przepisami okres czasu, pracodawca jest zobowiązany zwrócić środki pobrane z PFRON-u, wraz z odsetkami.

Refundacji dokonuje starosta na warunkach i w wysokości określonych w umowie zawartej z pracodawcą.

Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 18 maja 2004r., w sprawie szczegółowych warunków udzielania pomocy na szkolenia pracowników niepełnosprawnych, oraz Rozporządzenie Komisji nr 68/2001 określa szczegółowe zasady udzielania tej pomocy, a w szczególności zasady te określa § 3 ust. 1 i 2 rozporządzenia z 18 maja 1004r.

Rada Ministrów określiła także, próg maksymalnej intensywności pomocy, uzależniając ją od typu pracodawcy i rodzaju szkolenia.