Wpisany przez Administrator Ustawa o rehabilitacji w art. 31 określa jakie zwolnienia przysługują z tytułu prowadzenia zakładu pracy chronionej, w myśl artykułu zwolnienia te dotyczą podatków:

• od nieruchomości,
• od środków transportu,
• rolnych
• leśnych

wpłat do urzędu skarbowego należności z tytułu podatku od towarów i usług, z uwzględnieniem zasad określonych w odrębnych przepisach,

nie podatkowych należności budżetowych.

Zwolnienie nie dotyczy podatku od gier, podatku akcyzowego, cła i podatków dochodowych. Do końca roku 1999 r. pracodawcy prowadzący ZPChr byli zwolnieni z podatku dochodowego, zwolnienie to dotyczyło zarówno osób fizycznych jak i osób prawnych. Zgodnie jednak z art. 2 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych osoby fizyczne i prawne od dnia 1 stycznia 2000 r. nie są już zwolnieni z podatków dochodowych.

Pracodawcy przekazują środki uzyskane z tytułu zwolnień podatkowych przekazują na PRON (10%) oraz na zakładowy fundusz rehabilitacji osób niepełnosprawnych (90%). Wpłaty te powinny być dokonane w terminie do dnia 20 następnego miesiąca po miesiącu, w którym zaistniały okoliczności powodujące powstanie obowiązku wpłat

Prowadzący zakład pracy chronionej jest ponadto zwolniony zgodnie z art. 31 ust. 1 pkt. 2 z opłat z wyjątkiem opłaty skarbowej oraz opłat o charakterze sankcyjnym, które zostały określone w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 7 lipca 2004 r. w sprawie wykazu opłat sankcyjnych.

Korzystanie przez pracodawcę z tych uprawnień nie ma wpływu na wielkość obciążenia podatkowego, ponieważ jak wcześniej wspomniano 10% środków przekazywane jest na PFRON, a pozostałe 90% na zakładowy fundusz rehabilitacji osób niepełnosprawnych.